经过调查记者发现，物流运输企业不同企业间税负差异较大，在有较大物品购入的条件下，税负相比之前营业税时可能降低，否则税负可能未必降低。有关分析显示，物流运输企业的税负高 低还与企业的管理规范性密切相关。
 税负差异大
 记者获得的独家数据显示，四川省不愿署名的某国际物流有限公司沙湾车站经营部，2014年1月至8月税负为4.28%，而去年同期的税负为6%。税负产生变化的原因是，今年取得增值税专用发票进行抵扣。
 甘肃物流学会副会长兼第四方物流负责人谭克东则向本报记者表示，物流运输企业“营改增”后税负肯定是增加了。
 中央财经大学财政税收研究所所长曾康华告诉本报记者，增值税以增值额征税，如果价格在流通环节上升过快，即便改为增值税，税收的税额也不会下降。行业内可能有的领域税负高，有的领域税负低，都属正常。
 一些来自地方的数据也许能印证交通运输业对“营改增”税收收入的某种“主导性”贡献。
 据乌兰察布市政府网站消息，截至2014年10月底，乌兰察布市“营改增”行业入库增值税1.74亿元，拉动全市国税收入增长6.9个百分点，拉动增值税增长10.6个百分点。其中，占据主要地位的交通运输业入库1.25亿元。按公共财政预算口径，营业税改征增值税收入完成1.49亿元，占全市国税系统完成公共财政预算口径收入5.93亿元的25.1%。
 “越来越多的单位来索要发票，业务量越来越大，客户越来越多，抵扣不见增多，销项数额在增大，进项却不增长，所以税负还是不见轻。现在规模稍微大点的物流运输企业都在为税发愁，有资源业务是不愁的，业务接下来后多数企业都是开发票结账，发票开出去后只能想办法去抵扣税负，但抵扣项又很少。还是老问题。”绍兴和谐物流—百世物流(快运)马先生向本报记者坦言。
 交通运输业“营改增”全国铺开十几个月，抵扣项少的问题并没有解决，不少企业期望能将更多行业纳入“营改增”。
 针对部分企业认为增值税在本省全产业链推广也许比按行业逐次全国推行更有利抵扣的观点，国家税务总局税收科学研究所一位不便署名的副所长向本报记者表示，税改选择行业全国推广与行业间的产业链铺开是不矛盾的。
 采购及管理影响税负
 记者独家获得的四川省一地级市某城区(下称“S区”)内部数据显示，该区对9户正常经营的一般纳税人交通运输企业进行统计，2013年8月至2014年6月，增值税平均税负为2.67%。各运输企业间税负差异较大，最高的达到9.4%，最低的为1.93%。
 根据过去出台的营业税改增值税的方案，在之前增值税17%标准税率和13%低税率基础上，新增11%和6%两档低税率，其中，与物流企业有关的交通运输服务按照11%的税率，物流辅助服务按照6%的税率征收增值税。此前，物流企业主要缴纳的是营业税，其中，运输、装卸、搬运的营业税税率为3%，仓储、配送、代理等的营业税税率为5%。总体而言，此前的营业税税率基本为3%和5%两档，不过增值税的特点是可以对一些成本进行抵扣。
 S区的资料指出，有关企业税负高的主要原因是企业管理不规范，发生的修理费、部分汽车加油不能取得增值税专用发票来抵扣进项税。税负低的主要原因是购买新车和对汽车进行整体改装，形成抵扣税较大。实施营改增以来，该区运输企业税负在2%以下的企业有1户，2%—3%的企业有4户，3%—4%的企业有1户，5%—6%的企业有1户，6%以上的企业有2户。通过调查了解，只要是正常生产经营的企业，管理规范，严格监管，合理取得增值税发票进行进项税抵扣，税负都在2%—3%。此类企业比“营改增”前税负有相应减少。
 交通平安证券的一份研报曾测算，如果按照11%的税率来征收增值税，运输类企业需要抵扣的成本必须占营业收入的73%以上，仓储类企业要抵扣的成本必须占营业收入的55%以上，否则对企业来说实际上是增加税负而不是减少税负。
  业内专家不乏认为“营改增”导致物流运输业税负增加者。“现在这类行业提出了一个问题，税负是在上升。”山东大学财政学系主任李华告诉记者。